İsrafilzadeler ailesindendir. Hangi tarihte doğduğu konusunda kesin bir bilgiye ulaşılamamıştır. Osmanlı şehzadelerinden  Yıldırım Bayezit’in hocalığını yapar. Batı musikişinasları arasında ün salar.

Mehmet Efendi’nin “Zeybül Elhan fi İlmi’t-Tealifi Velezan” namında musikî kurallarını açıklayan bir eseri vardır. Bu kitap İstanbul’da Nuri Osmaniye Kütüphanesinde bulunmaktadır.

İkinci eserini, Sultan Beyazıt’ın Akkirman Kalesini fethettiği dönemde yazdığı  için eserinin adını “Fethiyye” diye adlandırır. Eserin bir nüshası halen  Bağdat Kütüphanesinde bulunmaktadır.

Mehmet Efendi musikîde kullanılan mulayim buudlarını (muzikle ilgili terim...) Hicri 889 tarihinde yazdığı halde, Avrupalı sanatçılar bunu daha sonra fark  etmişlerdir. Mehmet Efendi, Hicri 915 senesinde vefat etmiş ve Amasya’ya gömülmüştür.